Sur la route d'Edfou à Assouan, une fois passées les carrières de Gebel elSilsila, le Nil s'élargit et forme une courbe pittoresque, dévoilant sur sa rive droite un tertre où se dresse le double temple de Kôm Ombo, de l'époque ptolémaïque. Cette dualité a nécessité une disposition de part et d'autre d'une frontière imaginaire qui coïncide avec l'axe nord-est de l'ensemble. Chacun des sanctuaires a son propre axe, parallèle à l'axe commun. La moitié sud-ouest du temple est consacrée au dieu-crocodile Sobek, et son pendant nord-est au dieu-faucon Horus l'Ancien (Haroëris). Les divinités locales ont souvent un conjoint et un enfant, en général de rang inférieur au chef de la triade. Sobek a pour parédre Hathor et pour enfant Khonsou. Haroëris a pour épouse Tasentnefert ("la Bonne Sœur/ Épouse"), et pour fils Panebtaouy ("Le Seigneur du Double pays") une claire allusion au roi.
Le pylône, presque entièrement détruit, possède une double entrée correspondant aux axes des deux sanctuaires. Dans la cour commune, les vestiges des colonnes misi est en partie détruit par l'érosion de l'eau. Il est probable que l'enceinte du temple abritait des crocodiles; vivants. La chapelle d'Hathor renferme des crocodiles' momifiés provenant sans doute de la nécropole des crocodiles située au voisinage du temple. Le deuxième mur d'enceinte possède un bas-relief unique en son genre : une série d'instruments chirurgicaux.
Le grand hypostyle comporte des beaux chapiteauX papyriformes. Inventaire des lieux saints d'Egypte montrant les différentes divinités des différents endroits et des diverses célébrations, locales et nationales. Sur le mui central se trouve une représentation de Sobek sous là forme d'un crocodile